Методы реконструкции филогении

Методы реконструкции филогении * метады рэканструкцыі філагеніі * phylogenic reconstruction methods — методы восстановления эволюционных взаимоотношений между объектами, построения древа филогении, на основе данных молекулярно-генетического анализа. Существуют три группы таких методов, основанные 1) на расстоянии, 2) на принципе минимальной эволюции и 3) на принципе максимального правдоподобия. Сущность каждого из них заключается в следующем. 1. Методы, основанные на матрице расстояний (м. р.) между объектами, состоящие в итеративной кластеризации объектов пом. р. Наиболее широко используется метод UPGMA (unweighted pair-group method), когда расстояние между кластерами определяется как среднее всех попарных расстояний между членами кластеров. В методе «объединение соседей» (neighbor-joining method) минимизируется суммарная длина древа. 2. Методы максимальной парсимонии, или принцип «минимальной эволюции» (principle of minimum evolution). Для каждой возможной топологии из набора анализируемых последовательностей в качестве узла древа выбирается такая последовательность, которая требует минимальных изменений для перехода к непосредственным потомкам. Далее для каждой топологии подсчитывается суммарное число изменений и выбирается древо, соответствующее минимальному их числу. 3. Методы максимального правдоподобия. Для каждой возможной топологии длина ветвей выбирается так, чтобы максимизировать вероятность данного древа на основе исходных данных. Затем среди всех возможных выбирается наиболее вероятное древо.